L’ancienne église des Franciscains Saint-Matthieu, édifiée au 13ème siècle, compte parmi les plus remarquables réalisations conventuelles de la région. Le chœur est depuis 1575 affecté au culte protestant. La vaste nef, dominée par des tribunes de 1603, a été convertie en une magnifique salle de musique dotée d’une acoustique excellente et qui sert notamment de cadre aux principaux concerts du prestigieux festival international de Colmar (habituellement en juillet).

De style néoclassique, la synagogue est achevée en 1842. Elle est le siège du consistoire israélite et du grand rabbinat du Haut-Rhin. Expulsés au 13ème siècle, les juifs reviennent à Colmar après le décret d’émancipation de 1791.

L’église des Dominicains se compose d’une vaste nef-halle plafonnée et d’un spacieux chœur voûté d’ogives : une des plus belles constructions de ce type dans l’Empire germanique du 14ème siècle. Elle abrite un des grands chefs-d’œuvre de la peinture allemande du 15ème siècle, la célèbre Vierge au buisson de roses, du Colmarien Martin Schongauer.

A l’emplacement d’une église romane du 12ème s., les Jésuites construisent de 1742 à 1750 l’église Saint-Pierre, chapelle du collège royal qu’ils ont fondé, aujourd’hui lycée Bartholdi. L’aspect extérieur de l’édifice n’augure en rien de l’harmonie intérieure qui relève d’une esthétique baroque très tempérée.

La collégiale Saint-Martin est évidemment l’édifice le plus considérable de la ville, par ses proportions, par la richesse de sa statuaire médiévale. Construite pour l’essentiel durant les XIIIe et XIVe s., ce monument gothique a été élevé au rang de cathédrale durant la décennie révolutionnaire 1790-1800. Sa façade occidentale se signale par un groupe sculpté montrant l’évêque Martin de Tours (plus tard canonisé) à cheval au sommet d’un très élégant gâble. Il s’agit d’une copie, l’original ayant été déposé au musée Unterlinden durant les années 1970.
La façade sud de l’édifice, où alternent des grès jaunes et roses, se signale par le portail Saint-Nicolas, passage obligé pour les lépreux du Moyen Âge. On y remarque un grand nombre de têtes caricaturales, ainsi qu’une inscription sur une voussure à gauche rappelant le souvenir du concepteur de la nef au XIIIes., maître Humbret, dont l’inspiration fut largement champenoise.
Le projet initial comportait deux tours occidentales. La seule réalisée a bien failli disparaître dans un incendie en 1572 : elle échappera au pire et sa reconstruction fait désormais penser à un chapeau chinois.

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